为了适应我国民用航空业的又快 又好发展，学校围绕民航强国的总体战略，把握民航业的发展趋势和竞争态势，紧扣上海加快建设“四个中心”和增强城市国际竞争力，依托航空产业、服务区域经济，凸显现代民航工程及管理应用型人才创新培养模式的特色，与上海的航空企业校企合作、资源共享、优势互补，于1993年创办了“上海工程技术大学航空运输学院”、2007年成立了上海高校中唯一培养飞行技术专门人才的“上海工程技术大学飞行学院”，设立了校企“双主任”制的院务委员会制度，成为国内民航领域培养飞行技术人才的八所主要非军事院校之一；2009年，在上海市经济与信息化委员会、上海市教育委员会、上海市科学技术委员会的大力支持下，与中国人民解放军93163部队飞行仿真技术研究所、上海航空公司等单位产学紧密合作，成立了“上海飞行仿真技术研究中心”。目前，已与中国东方航空股份有限公司、上海航空公司、春秋航空公司、柯莱货运、松江国贸区、神州数码物流基地、中国海运集团总公司、上海交运集团、上海浦东国际机场、上海航宇科普中心、上海飞机制造厂等产业集团紧密合作，形成长期友好的战略联盟，主动应对民航业未来发展的需求，密切关注民航教育发展的前沿动态，遵循民航教育事业的发展规律，以社会需求为导向、以产学研战略联盟为平台、以上海发展先进制造业和现代服务业对人才需求为目标、以学科链与专业链积极对接现代民航产业链的产学合作教育办学模式为特色，为我国民航事业构建科学、合理、持续、可操作性强的民航类各专业应用型人才培养体系，培养知识结构合理的“专业理论+工程实践+创新与市场能力”的各类民航专业应用型人才。
航空运输学院·飞行学院现设有飞行技术系、民航运输系、航空运营工程系、航空维修工程系、现代民航工程研究中心、院中心实验室、院办公室、学生工作办公室等部门；院中心实验室下设飞行模拟器训练中心·飞行仿真技术实验室、航空货站模拟实训实验室、航空物流案例分析室、航空发动机实验室、民航客货运实验室·物流系统仿真实验室、航空机务数字模拟实验室、航空综合基础实验室、飞机附件拆装实验室等，涉及航空企业运行的各个业务环节；拥有飞行技术、交通运输（航空器械维修）、工商管理（航空经营管理）、物流管理（航空物流）、航空机电设备维修、空中乘务、民航商务等七个专业，实施飞行技术专业准军事化管理，研究并推出乘务类专业的准军事化管理、机务和管理类专业的民航特色管理，既有航空理论教育、又有航空实践训练，具有涉及学科多、技术类别广等特点，已为上海及其它国内外民航企业培养了大量既有理论知识、又有较强动手能力的民航业各类专业人才。
学科建设围绕国家教育部“民航运营管理应用型人才培养模式创新实验区”、市教委重点学科“现代民航工程及管理”、市科委科技攻关项目“现代民航飞行模拟机的研发”和“六自由度平台大型运输机工程/飞行模拟器”、市经信委“上海市引进技术的吸收与创新计划——产学研重点合作重点平台建设专题‘飞行仿真模拟器及其产业化’”等重大项目，研制达到国家民航局D级标准的、具有国际先进水平的B737-800飞行模拟机，坚持以民航业的发展需要推进“现代民航工程”学科专业群的内涵建设，努力打造“品牌”效应，全面落实学院2008—2020年的发展定位规划，为培养民航全系列人才，开展民航飞行与仿真技术、民航运营管理、民航客机故障诊断（维修）技术、民航运行控制技术等特色方向的教学与科研，搭建了服务平台、提供了基础支撑，获得了中国高校与大型企业合作十大典型案例、中国工博会高校展区一等奖、国家教育部教学成果二等奖、上海市教学成果一等奖、上海市第七届决策咨询研究成果奖二等奖等，得到了各级领导的高度重视并对学科建设的成效表示满意，体现了与同类高校错位互补的原则，凸现了学科的内涵与“特色”，使之成为“现代民航工程及管理”研究方面的辐射源、研究成果的孵化器、研究理论的智力库。
上海工程技术大学航空运输学院·飞行学院的未来，充满了阳光、充满了希望，面向上海建设亚太地区国际航空枢纽港及国家大型民用客机制造项目落户上海的机遇，以实现民航强国为核心的“一个核心”战略观，协调高等教育与民航企业携手合作的“二大支柱”全局观，把握工学、管理学、经济学三大学科交映相辉发展高职专科、本科教育、硕士点建设的“三个台阶”发展观，“人才培养、学科建设、科学研究、社会服务”交叉并进的“四位一体”办学观，整合“人力资源、学科建设、职业能力、激励机制、工作质效”的“五大要素”竞争观，为民航事业的建设和发展，做出新的贡献！
